Magistranto mokslumo ugdymui numatyta: kiekviename semestre po 6 kreditus moksliniams tyrimams atlikti ir magistro tezėms skelbti, viso 48 kr. 1-ame semestre formuluojama magistro darbo tema informatikos inžinerijos kryptyje ir/ar sankirtoje su kitomis inžinerijos kryptimis, kuriant joms intelektualias  kontrolės ir procesų valdymo sistemas. 2-ame semestre sprendžiami teoriniai klausimai, kuriami algoritmai, 3-iame semestre atliekami eksperimentiniai tyrimai, specifikuojami nauji programiniai ir sisteminiai įrankiai. 4-ame semestre trijų semestrų mokslo rezultatai sisteminami magistro tezėse ir papildomi naujais tyrimais. Motyvuotos darbo išvados ir iškeltos hipotezės publikuojamos.